Las enfermedades más frecuentes son el cáncer vesical y los cálculos. La resección transuretral sigue siendo el método de elección en el tratamiento de los tumores malignos superficiales. En el caso de la litiasis, la extracción endoscópica o la litotricia endoscópica han cedido el paso a la litotricia extracorpórea. Sin embargo, ambos métodos son igualmente válidos según la calidad del equipamiento de los centros asistenciales.
La inyección de sustancias en la vecindad de los meatos ureterales, del cuello vesical o de la zona esfinteriana para tratar el reflujo, la incontinencia urinaria de esfuerzos o el daño esfinteriano quirúrgico, respectivamente, son alternativas a la cirugía clásica de esas lesiones. No tienen una difusión muy importante en razón a la mayor seguridad de los procedimientos clásicos.